Apabila pemohon merasa keberatan atau kurang puas atas putusan PPID terkait layanan informasi publik yang diminta, maka pemohon dapat mengajukan keberatan dengan cara:

1. Pemohon informasi publik mengajukan keberatan secara tertulis kepada atasan PPID pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral DIY dalam jangka waktu paling lambat 30 (tiga puluh) hari kerja setelah diperoleh alasan keberatan;
2. Atasan PPID  pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral DIY harus memberikan tanggapan atas pengajuan keberatan tersebut paling lambat 30 (tiga puluh) hari kerja sejak diterimanya keberatan secara tertulis. Apabila Atasan PPID menguatkan putusan yang ditetapkan bawahannya maka alasan tertulis disertakan bersama tanggapan tersebut;
3. Jika pengaju keberatan puas atas putusan Atasan PPID, maka sengketa keberatan selesai;
4. Jika pengaju keberatan informasi publik tidak puas atas tanggapan Atasan PPID, maka penyelesaian sengketa informasi publik dapat diajukan kepada Komisi Informasi DIY.