Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral DIY sebelumnya bernama Dinas Permukiman Prasarana Wilayah (Kimpraswil) berdasarkan Keputusan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 97 Tahun 2004. Kemudian dengan terbitnya Peraturan Daerah Provinsi DIY Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, nama Dinas Permukiman Prasarana Wilayah berubah menjadi Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral DIY, yang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas dan UPT nya tertuang dalam Peraturan Gubernur DIY Nomor 41 Tahun 2008.

Seiring dengan penataan kelembagaan baru Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta sesuai dengan Peraturan Daerah Istimewa Derah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2018, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan mengalami Perubahan yang dituangkan dalam Peraturan Gubernur DIY Nomor 63 Tahun 2018, dimana tugas dari Dinas PUPESDM membantu Gubernur melaksanakan urusan pemerintahan bidang pekerjaan umum, urusan pemerintahan bidang perumahan dan kawasan permukiman serta urusan pemerintahan bidang energi dan sumber daya mineral.

Dasar Hukum

1. Keputusan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 163 Tahun 2002 tentang Uraian Tugas dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas di Lingkungan Dinas Permukiman Prasarana Wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta; dan
2. Keputusan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 97 Tahun 2004 tentang Uraian Tugas dan Tata Kerja Dinas Permukiman Prasarana Wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
3. Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 6 Tahun 2008 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Dinas Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
4. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 41 Tahun 2008 Rincian Tugas Dan Fungsi Dinas Dan Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral
5. Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tahun 2015 Tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta
6. Nomor 6 Tahun 2015 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 41 Tahun 2008 Tentang Rincian Tugas Dan Fungsi Dinas Dan Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral
7. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 60 Tahun 2015 Tentang Rincian Tugas Dan Fungsi Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, Dan Energi Sumber Daya Mineral
8. Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2018 Tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta
9. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 63 Tahun 2018 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, Dan Energi Sumber Daya Mineral
10. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 93 Tahun 2018 Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral
11. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 8 Tahun 2021 Tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 93 Tahun 2018 Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral
12. Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 98 Tahun 2022 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral