Unsur Organisasi Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, dan Energi Sumber Daya Mineral terdiri dari Pimpinan, Pembantu Pimpinan dan Pelaksana dengan Struktur Organisasi yang disajikan pada gambar berikut :

Sumber 1 : Peraturan Gubernur DIY No. 69 Tahun 2023 Tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur DIY No. 98 Tahun 2022

Sumber 2 : Peraturan Gubernur DIY No. 98 Tahun 2022 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas PUPESDM DIY

Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Pekerjaan Umum Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral DIY berdasarkan Peraturan Gubernur DIY Nomor 70 Tahun 2023 Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan Dan Energi Sumber Daya Mineral, UPT pada Dinas PUPESDM DIY yang terdiri dari :

1. Balai Pengelolaan Air Limbah dan Pengembangan Jasa Konstruksi;
2. Balai Pengawasan dan Pengendalian Energi Sumber Daya Mineral.

Dalam rangka menyelenggarakan tugas dan fungsinya, Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumberdaya Mineral DI. Yogyakarta per bulan Desember tahun 2023 didukung oleh Sumber Daya Manusia sebanyak 229 (dua ratus dua puluh sembilan) orang Pegawai.